В VII-VI в. до н.е. на місці Балаклави знаходилися таврські поселення.

У 60-і рр. I ст. н.е. римські легіони розгромили тавро-скіфське військо, яке тримало в облозі Херсонес. Після того як римські гарнізони були введені у Херсонес, на мисі Ай-Тодор зводиться фортеця Аракс, а в балаклавській бухті, яка називалася на ті часи Сюмболон, розташувався військовий табір.

У 240 рр. римські легіонери залишають Крим. Балаклава стає переважно грецьким поселенням. Воно було завойоване та зруйноване гуннами у 370-х рр. На початку VII ст. тут з’являється грецьке поселення Ямболі ( назва перекручена з Сюмболон), де 702 р. тут переховується імператор Юстіан ІІ.

На початку XIII ст. Ямболі входить до князівства Феодоро, але перебуває в його складі недовго. У 1345 р. на місто завойовують ґенуезці, потім татари, й у 1357 році знову ґенуезці. Розпочинається будівництво великої фортеці Чембало (тепер перекручене від слова Ямболі).

У 1380 році кримський хан Тохтамиш підписав угоду, в який визнав за ґенуезцями право на користування Чембало, а також територією від Алушти до Балаклави. Ця територія називалась капітанство Готія (Capitaneatus Gotie), яке тривалий час була темою для постійних суперечок між Кафою (Феодосією) та князівством Феодоро.

1433 року кораблі Мангупського князівства прорвали ланцюг та увійшли в бухту. Фортецю було завойовано. Але вже через рік Карло Ломеліно з військом не тільки звільнив від завойовників Чембало, але й захватив фортецю супротивника - Каламіту. Влітку 1475 р. турецькі війська завоювали Чембало, таким чином місто увійшло в склад Османської імперії та отримало нове ім’я - Балик-Юве (Balık yuva) в перекладі з турецької «риб’яче гніздо». Назва трансформувалося в «Балаклава». У фортеці розмістився турецький гарнізон, а саму фортецю використовували як vip-в'язницю - тюрму для знаті - тут тримали кримських ханів, які за певної причини не догодили султану.

У 1774 за Кючук-Кайнарджийському перемир’ям турки залишилися Балаклаву, а місто зайняли козаки. Це було перше місце стоянки для російських кораблів.

У 1787 році в Балаклаву приїхала цариця Катерина ІІ, її зустрічав кінний загін зі 100 перевдягнутих в "амазонок" балаклавських дівчат та жінок-гречанок. Вражена таким яскравим прийомом цариця подарувала командуючий ватажком Олені Сарандовій персня с діамантом.

Наприкінці ХІХ ст.. Балаклава почала розвиватися як курорт. Першою людиною, яка поставила на Балаклаву як на курорт, коли в цей час вже Південний берег Криму був модним місцем відпочинку аристократії, був Скирмунт. Він поселився у місті, на основі свого будинку відкрив пансіонат. Ним же у 1888 була відкрита лікарня. У 1887 був відкритий готель "Гранд-готель", пізніше "Росія". У 1904 було прибудовано до готелю "Росія" будівля на 12 номерів для прийняття морських ванн. Тут виростали як гриби дачі різних багатих людей - князів Юсупова, Апраксина, Гагаріна, графа Наришкіна.

В період з 1900 до 1910 рр. було побудовано близько ста дач.

У 1921 Балаклава - центр Балаклавського району Кримської автономії, а у 1957р. Балаклава увійшла в склад міста Севастополя. Тоді ж розпочалося будівництво заводу для ремонту підземний човнів. Відтоді аж до 1991р. Балаклава стала закритим містом. Тепер Балаклава одне з найгарніших міст, його гаванню любуються кожен рік тисячі туристів. Кожен рік проводиться парусна регата "Кайра".

У 1994 році останній підводний човен лишив завод і він припинив діяльність Зараз частина "Об’єкт 825ГТС" відкрита для туристів. Завод був побудований так, що витримав би прямий атомний удар міцністю до 100Кт. Відвідувачі можуть пройтися коридорами та приміщеннями заводу, загальна площа всього заводу 9600кв.м., підземна площа 5200кв.м. В екскурсійних залах можна подивитися макети підводних човнів, бомби, різні знаряддя. Музей працює кожен день в літній період, крім понеділка, в безсезоння – по вихідних. Режим роботи з 10-00 до 15-00. Обов’язково беріть з собою теплі речі, всередині дуже холодно.

Для будівництва заводу були відібрані кращі гірничо-будівельні бригади СРСР, та обрані найкращі метробудівельники Москви. Гірські породи підривали та вивозили на вагонетках (на фото.) Завод був сконструйований так, що на час війни в ньому могли сховатися всі мешканці Балаклави та підтримувати нормальну життєдіяльність. Також сховище могло прийняти 9 малих або 7 середніх човнів. Завод будувався у строгій секретності так, що навіть прості місцеві не могли здогадуватися, що це за дивні поштовхи та звуки лунають навколо. Маскування заводу виконували незаселені хатки.

Коли ви будете проходити до музею, то під вашими ногами буде понтонний міст. Коли човен входив на завод, а це відбувалося тільки вночі, понтон осушували й човен на малій ході в надводному положенні заходив всередину.

Перше що нас зустрічає, так це протиударні величезні ворота, вага їх 20 тон! Човен входив у док, вода спускалася, доречи, лишалося чимало риби! Потім човен виходив по іншому каналу, глибина якого при виході була 32 м, у відкрите море вже під водою.